Su penúltimo alumno fue, durante las Guerras Clónicas, Obi-Wan Kenobi. Pero desde el advenimiento del Imperio y la caída de la República y los Jedis vive oculto en el planeta pantanoso de Dagobah.
Gracias a su gran Fuerza se ha mantenido oculto de Darth Vader y de Palpatine, quienes consiguieron eliminar a todos los grandes Jedis de la galaxia (exceptuando a él mismo). Y Yoda se ha mantenido así, escondido, esperando el momento en el que renazca la esperanza en la galaxia oprimida por el Imperio.
Y ese momento llegó con Luke Skywalker. Él fue su último alumno y en el que depositó todas las esperanzas de que la orden Jedi volviera a renacer. Tras entrenarle en dos largas sesiones Yoda murió. Pero cumplió con su propósito, pues Luke llegó a ser un gran Jedi, con capacidad para entrenar a nuevos Caballeros.
Al igual que Kenobi y el renacido Anakin Skywalker, se aparece de vez en cuando a Luke para aconsejarle y darle apoyo espiritual.